Tenk om verden som vi kjenner den kun er en illusjon, og vår virkelighet egentlig er en datasimulering? Den kritikerroste filmregissøren Rodney Ascher (Room 237) tar med seg spørsmålet og dykker ned i et kaninhull av vitenskap, filosofi og konspirasjonsteorier. A Glitch in the Matrix søker svarene på spørsmålene som nærmest ikke kan stilles om tilværelsen vår, gjennom referanser fra popkulturen, vitenskapelige observasjoner og mennesker som kan forsikre om at de med all sikkerhet har opplevd ”buggen i matrisen”.